Le Operazioni dell'alleanza sono eventi a cui partecipi con tutta la tua alleanza, lavorando insieme per ottenere il punteggio più alto possibile. Per poter partecipare alle Operazioni dell'alleanza devi aver aderito a un'alleanza prima dell'inizio dell'evento. Se un giocatore lascia un'alleanza dopo l'inizio dell'Operazione dell'alleanza, non sarà più in grado di partecipare all'evento e non riceverà alcuna ricompensa quando l'evento si conclude, anche se dovesse riunirsi alla sua alleanza.
Ci sono 3 livelli di difficoltà: Standard, Veterani ed Élite. I livelli Veterani ed Élite si sbloccano quando la tua alleanza raggiunge un certo punteggio. Ogni livello di difficoltà ha dei limiti sulla rarità degli eroi, delle armi e degli oggetti di battaglia che può essere usata. Oltre alle limitazioni di livello, ogni Operazione dell'alleanza ha un pericolo dell'evento che diventa più forte man mano che i giocatori avanzano nelle difficoltà. C'è anche un bonus dell'eroe evento, che permette ai giocatori di ottenere ulteriori vantaggi nelle battaglie quando usano gli eroi di quell'Operazione dell'alleanza (per esempio, usando eroi della famiglia Meccanoidi nell'Operazione dell'alleanza Minaccia dei Meccanoidi).
I giocatori riceveranno un forziere dell'Operazione dell'alleanza al completamento di ogni livello di difficoltà.
Oltre a questo, alla fine dell'Operazione dell'alleanza, i partecipanti riceveranno le loro ricompense della classifica, basate sulla loro posizione finale sia nella loro alleanza che come giocatori individuali. I giocatori possono vedere esempi di possibili bottini insieme a maggiori informazioni accedendo alla scheda "Ricompense" nella visuale dell'Operazione dell'alleanza e nelle descrizioni delle classifiche.
Il punteggio di ogni scenario è definito dai nemici sconfitti, dalla velocità di completamento e dalla quantità di salute dell'eroe rimasta alla fine di uno scenario. Vengono prese in considerazione anche le grandi combo e i grandi abbinamenti. L'uso di Continua ha un effetto negativo sul punteggio dello scenario. La schermata dei risultati alla fine di uno scenario mostra i fattori che influenzano il punteggio in modo più dettagliato.