Dans Empires & Puzzles, toutes les équipes de défense (que ce soit dans les combats de raid, les tournois de raid, les guerres, les niveaux de la carte ou autres) sont contrôlées par une intelligence artificielle très simple.

Cette intelligence artificielle ne peut pas prendre de décision stratégiques. Par exemple, elle choisit toujours des cibles aléatoires, et utilise immédiatement ses compétences spéciales dès qu'elles sont disponibles. Vous avez peut-être déjà vu des équipes de défense ennemies faire ce genre « d'erreurs ».

Afin de compenser ces limitations tactiques, toutes les équipes de défense, y compris la vôtre, bénéficient de quelques avantages face aux équipes contrôlées par des joueurs. Entre autres, tous leurs héros reçoivent une petite quantité de mana à chaque tour.