Par souci d'équilibre, Puzzle Combat utilise plusieurs énergies pour des activités diverses. Nous voulons que les joueurs s'essaient aux différents aspects du jeu. Par exemple, si vous n'avez plus d'énergie mondiale, vous pouvez tout de même lancer un raid sur d'autres joueurs. L'énergie se recharge sur la durée, ce qui permet généralement d'en avoir le plein toutes les quelques heures.

Il est possible d'utiliser des flasques pour recharger les différents niveaux d'énergie. De plus, l'énergie de raid et de machine de guerre peut être récupérée contre de l'or.